В декабре 1992 года было создано Открытое ак­ционерное общество энергетики и электрификации «Единая энергетическая система России» - РАО «ЕЭС России». В соответствии с указами Президента РФ магистральные линии электропередачи были переданы в его уставной капитал. Компания объединила практически всю российскую электро­энергетику. Компаниям, входящим в РАО «ЕЭС», было передано в эксплуатацию 72,1 % установленной мощ­ности, это позволило им обеспечивать 69,8 % от об­щей выработки электроэнергии и 32,7 % теплоэнергии, а также транспортировать практически всю (96 %) электроэнергию. Установленная мощность компаний группы превышала 156 ГВт, что делало ее крупнейшей энергокомпанией мира.

Создание РАО «ЕЭС России» позволило сохранить надежное снабжение потребителей электроэнергией. Одной из важнейших задач РАО ЕЭС стала поэтапная организация Федерального оптового рынка электри­ческой энергии и мощности — ФОРЭМ.

В 1997 году в составе РАО «ЕЭС России» появились территориально обособленные подразделения, Межси­стемные электрические сети: Центра, Северо-Запада, Юга, Волги, Урала, Сибири, Востока.

В 1998 году на напряжении 500 кВ была запущена линия Барнаул – Итат. Через год вос­становилась синхронная работа ОЭС Сибири и Казах­стана с Европейской частью России, были подписаны договоры о параллельной работе с Грузией и Азербайд­жаном. Заключение такого же соглашения с Украиной и Литвой восстановило единое энергопространство на территории бывшего СССР.

До 2000 года уровень оплаты услуг компании со стороны потребителей оставался крайней низким – не более 85%, из них менее 20% – «живыми» деньга­ми, а остальное — векселя, зачеты, бартер. На начало 1998 года задолженность потребителей превышала 100 миллиардов рублей, что, в свою очередь, привело к стремительному росту кредиторской задолженности предприятий холдинга РАО «ЕЭС России». Отсутствие финансирования осложняло текущую деятельность энергокомпаний – не хватало топлива, задержива­лись зарплаты персоналу, было заморожено строи­тельство новых энергообъектов, со­кращены объемы ремонтов.

К 2000 году РАО «ЕЭС России» удалось достичь стопроцент­ного уровня оплаты электроэнергии и тепла со сторо­ны потребителей, урегулировать свою задолженность перед бюджетами и бизнес-партнерами. В кратчайшие сроки была устранена угроза банкротств ряда регио­нальных энергокомпаний холдинга, погашены долги по заработной плате, остановлен отток квалифициро­ванных кадров.

Наметившийся с 2000 года экономический рост в России повлек за собой и рост энергопотребления. Спрос на электроэнергию в России ежегодно увеличи­вался на 2—4%. В период с 2000 по 2007 год он вы­рос на 15,7% — с 851,2 до 985,2 млрд кВтч. Для того чтобы обеспечить потребности экономики назрела необходимость реформирования энергетической отрасли. 4 апреля 2000 года Совету директоров РАО был представлен на обсуждение первый проект Концепции реструкту­ризации компании.

Основная цель преобразований, как ее определи­ли для себя идеологи реформы, - создать условия для прихода в отрасль частных инвесторов. Региональные АО-энерго были разделены на генерирующие, сбытовые и сетевые компании.

Завершение структурной реформы, а также необ­ходимость развития реальной конкуренции в секторе генерации и сбыта электроэнергии сделали ненужным существование головной компании. В ходе реформы произошло разделение отрасли на естественно-монопольные (передача и распределение электроэнергии, диспетчеризация) и конкурентные (генерация, сбыт, ремонт и сервис) виды деятельности. Прежняя монопольная структура электроэнергетики, когда все звенья цепочки - от производства до сбыта - находились под контролем одной компании, исчезла. На смену холдингу ОАО РАО «ЕЭС России», который прекратил свою деятельность 30 июня 2008 года, пришли новые самостоятельные участники рынка электроэнергетики.

Решение о создании Федеральной сетевой компании было принято Правительством России летом 2001 года в рамках реформирования электроэнергетики. Федеральная сетевая компания создана как организация по управлению Единой национальной электрической сетью (ЕНЭС). Государственная регистрация Компании состоялась 25 июня 2002 года. ОАО РАО «ЕЭС России», выступившее единственным учредителем, передало в уставный капитал Компании системообразующий электросетевой комплекс, относящийся к ЕНЭС.

Одновременно в рамках реформирования электроэнергетики происходил процесс консолидации электросетевых объектов, относящихся к ЕНЭС, под управлением Федеральной сетевой компании. В 2007 году на базе реорганизованных АО-энерго (дочерних и зависимых обществ ОАО РАО «ЕЭС России») были созданы 56 Магистральных сетевых компаний (МСК). Принадлежащие ОАО РАО «ЕЭС России» акции МСК были переданы в оплату дополнительного выпуска акций Федеральной сетевой компании. 

1 июля 2008 года ОАО РАО «ЕЭС России» и 54 МСК были присоединены к Федеральной сетевой компании. Еще 2 МСК (ОАО «Томские магистральные сети» и ОАО «Кубанские магистральные сети») остались ее дочерними обществами. В результате акционерами Федеральной сетевой компании стали более 470 тысяч бывших акционеров ОАО РАО «ЕЭС России» и МСК.